Le premier épisode de la saison 5 reprend là, où nous en étions restés à la fin de "End of times" : suite à la régénération particulièrement violente du Docteur, le TARDIS est en perdition et plonge vers la terre, frôlant Big Ben au passage.
Le Docteur parvient tant bien que mal de se poser dans un jardin; situé dans le village de Leadworth, près de Gloucester. Nous sommes en juin 1996.
Il fait la connaissance d'une petite fille, nommée Amelia Pond, qui le fait entrer chez elle et l'aide à satisfaire ses étranges pulsions alimentaires (poissons panés crus à la crème anglaise, entre autres), consécutives à la régénération.
La fillette lui demande de l'aider : à l'étage, se trouve une étrange fissure dans le mur de sa chambre. Le Docteur découvre que ce n'est pas simplement une fissure dans le mur, mais une fissure dans la structure même de l'espace et du temps; de l'autre côté, se trouve une prison d'un peuple nommé les Atraxi.
Les Atraxi annoncent au Docteur et à Amelia que « Le Prisonnier Zéro s'est échappé », mais avant que le Docteur puisse apporter son aide il est interrompu par l'alarme du TARDIS : s'ils ne sont pas stabilisés, les moteurs vont se consumer. Le Docteur doit piloter le TARDIS vers le futur pour empêcher les moteurs d'entrer en phase. Il promet à Amelia de revenir dans cinq minutes et disparait. La petite fille, enthousiaste à l'idée de partir avec lui, monte dans sa chambre préparer ses valises puis redescend l'attendre.
Le Docteur revient, pose le TARDIS et retourne dans la maison pour aider Amélia, mais il est assommé.
A son réveil, découvre qu'il a été menotté à un radiateur et se retrouve face à une jeune femme, apparemment officier de police. Rapidement, il découvre que bien plus de 5 minutes se sont écoulées depuis son départ. Dans un premier temps, la jeune policière l'informe que cela fait 6 mois que la petite Amélia a quitté la maison. Mais, en fait, ce sont 12 ans et la jeune femme n'est autre qu'Amélia elle-même. Amélia, appelée à présent Amy, a un travail de "kissogramme" (une messagère qui conclue la livraison d'un message par un baiser !) et son costume est donc factice. Amy est fort amère que le Docteur n'ait pas tenu parole, même si le Docteur ne pouvait rien y faire.
Il lui explique que le Prisonnier Zéro dont les Atraxi ont parlé vit caché dans sa maison depuis toutes ses années grâce au filtre de perception qui cachait l'une des chambres de l'étage. Le Prisonnier Zéro prend la forme d'un patient comateux, un malade hospitalisé là où le petit ami d'Amy, Rory Williams, est infirmier.
Amy entre dans la chambre "cachée" et récupère le tournevis sonique du Docteur, au péril de sa vie. Le Prisonnier, qui ressemble en réalité à une sorte de murène, chasse alors le Docteur et Amy de la maison après que le message des Atraxi du début de l'épisode commence à être diffusé à travers chaque télévision, radio et appareil électronique du monde, ajoutant que la "résidence humaine" sera détruite si le Prisonnier Zéro ne se livre pas. Le Docteur réalise qu'ils font référence à la planète tout entière...
Il fait la connaissance d'une petite fille, nommée Amelia Pond, qui le fait entrer chez elle et l'aide à satisfaire ses étranges pulsions alimentaires (poissons panés crus à la crème anglaise, entre autres), consécutives à la régénération.
La fillette lui demande de l'aider : à l'étage, se trouve une étrange fissure dans le mur de sa chambre. Le Docteur découvre que ce n'est pas simplement une fissure dans le mur, mais une fissure dans la structure même de l'espace et du temps; de l'autre côté, se trouve une prison d'un peuple nommé les Atraxi.
Les Atraxi annoncent au Docteur et à Amelia que « Le Prisonnier Zéro s'est échappé », mais avant que le Docteur puisse apporter son aide il est interrompu par l'alarme du TARDIS : s'ils ne sont pas stabilisés, les moteurs vont se consumer. Le Docteur doit piloter le TARDIS vers le futur pour empêcher les moteurs d'entrer en phase. Il promet à Amelia de revenir dans cinq minutes et disparait. La petite fille, enthousiaste à l'idée de partir avec lui, monte dans sa chambre préparer ses valises puis redescend l'attendre.
Le Docteur revient, pose le TARDIS et retourne dans la maison pour aider Amélia, mais il est assommé.
A son réveil, découvre qu'il a été menotté à un radiateur et se retrouve face à une jeune femme, apparemment officier de police. Rapidement, il découvre que bien plus de 5 minutes se sont écoulées depuis son départ. Dans un premier temps, la jeune policière l'informe que cela fait 6 mois que la petite Amélia a quitté la maison. Mais, en fait, ce sont 12 ans et la jeune femme n'est autre qu'Amélia elle-même. Amélia, appelée à présent Amy, a un travail de "kissogramme" (une messagère qui conclue la livraison d'un message par un baiser !) et son costume est donc factice. Amy est fort amère que le Docteur n'ait pas tenu parole, même si le Docteur ne pouvait rien y faire.
Il lui explique que le Prisonnier Zéro dont les Atraxi ont parlé vit caché dans sa maison depuis toutes ses années grâce au filtre de perception qui cachait l'une des chambres de l'étage. Le Prisonnier Zéro prend la forme d'un patient comateux, un malade hospitalisé là où le petit ami d'Amy, Rory Williams, est infirmier.
Amy entre dans la chambre "cachée" et récupère le tournevis sonique du Docteur, au péril de sa vie. Le Prisonnier, qui ressemble en réalité à une sorte de murène, chasse alors le Docteur et Amy de la maison après que le message des Atraxi du début de l'épisode commence à être diffusé à travers chaque télévision, radio et appareil électronique du monde, ajoutant que la "résidence humaine" sera détruite si le Prisonnier Zéro ne se livre pas. Le Docteur réalise qu'ils font référence à la planète tout entière...
Il tente de prévenir les Atraxi qu'il a repère le prisonnier déguisé, mais son tournevis sonique explose!
Le Docteur évalue qu'ils ont vingt minutes avant que les armes des Atraxi atteignent la pleine puissance, donc vingt minutes pour sauver le monde. Il découvre aussi qu'Amy a fabriqué des poupées et fait des dessins à son image depuis leur première rencontre, il y a douze ans.
Sans TARDIS ni tournevis sonique, c'est armé uniquement de ses connaissances qu'il trouvera la solution : il utilise l'ordinateur portable d'un habitant du village et le téléphone de Rory (infirmier à l'hôpital local), pour transmettre un virus informatique à travers le monde qui règle toutes les horloges et affichages électroniques sur le nombre zéro, indiquant par là aux Atraxi la présence du Prisonnier Zéro et leur permettant de tracer sa présence à Leadworth, à la source du virus. Dans un face-à-face dans la section des comateux de l'hôpital, le Prisonnier prend d'abord l'apparence du Docteur, ce qui surprend ce dernier : il ne peut normalement que le faire avec des personnes inconscientes, en leur volant leurs rêves et souvenir. Or, Amy vient de perdre connaissance et c'est elle, non le Docteur qui sert de référence au prisonnier Zéro pour se déguiser. Mais le Docteur force Amy à penser e au prisonnier sans déguisement (qu'elle a vu auparavant dans la maison); ainsi le Prisonnier prend son apparence originelle, et est capturé à nouveau.
Juste avant cela, Zero prévient le Docteur à propos des fissures dans l'univers : quand la " Pandorica" s'ouvrira, la silence s'abattra".
Les Atraxi étant sur le point de partir, le Docteur les rappelle et met son nouveau costume pour avoir une "réunion" avec eux sur le toit de l'hôpital. Il leur dit que des extra-terrestres ont déjà envahi la Terre et leur fait voir comment ils ont été vaincus. Les Atraxi découvrent qui est le Docteur et partent rapidement.
Le Seigneur du Temps remarque que la clé du TARDIS est "chaude", ce qui signifie que le vaisseau a fini son autoréparation. Il part pour un vol d'essai, laissant à nouveau Amy, qui arrive trop tard pour le rejoindra. - et revient une fois de plus après une longue absence : deux ans ont passé.
Le Docteur montre à Amy le TARDIS régénéré (recevant, au passage un nouveau tournevis sonique) et elle accepte de voyager avec lui à la condition qu'à la fin de leurs voyages, il la ramène le lendemain du départ. Nous découvrons alors la chambre de la nouvelle compagne : on aperçoit une robe blanche, sous-entendant que le jour suivant est le jour de son mariage.
Le Docteur évalue qu'ils ont vingt minutes avant que les armes des Atraxi atteignent la pleine puissance, donc vingt minutes pour sauver le monde. Il découvre aussi qu'Amy a fabriqué des poupées et fait des dessins à son image depuis leur première rencontre, il y a douze ans.
Sans TARDIS ni tournevis sonique, c'est armé uniquement de ses connaissances qu'il trouvera la solution : il utilise l'ordinateur portable d'un habitant du village et le téléphone de Rory (infirmier à l'hôpital local), pour transmettre un virus informatique à travers le monde qui règle toutes les horloges et affichages électroniques sur le nombre zéro, indiquant par là aux Atraxi la présence du Prisonnier Zéro et leur permettant de tracer sa présence à Leadworth, à la source du virus. Dans un face-à-face dans la section des comateux de l'hôpital, le Prisonnier prend d'abord l'apparence du Docteur, ce qui surprend ce dernier : il ne peut normalement que le faire avec des personnes inconscientes, en leur volant leurs rêves et souvenir. Or, Amy vient de perdre connaissance et c'est elle, non le Docteur qui sert de référence au prisonnier Zéro pour se déguiser. Mais le Docteur force Amy à penser e au prisonnier sans déguisement (qu'elle a vu auparavant dans la maison); ainsi le Prisonnier prend son apparence originelle, et est capturé à nouveau.
Juste avant cela, Zero prévient le Docteur à propos des fissures dans l'univers : quand la " Pandorica" s'ouvrira, la silence s'abattra".
Les Atraxi étant sur le point de partir, le Docteur les rappelle et met son nouveau costume pour avoir une "réunion" avec eux sur le toit de l'hôpital. Il leur dit que des extra-terrestres ont déjà envahi la Terre et leur fait voir comment ils ont été vaincus. Les Atraxi découvrent qui est le Docteur et partent rapidement.
Le Seigneur du Temps remarque que la clé du TARDIS est "chaude", ce qui signifie que le vaisseau a fini son autoréparation. Il part pour un vol d'essai, laissant à nouveau Amy, qui arrive trop tard pour le rejoindra. - et revient une fois de plus après une longue absence : deux ans ont passé.
Le Docteur montre à Amy le TARDIS régénéré (recevant, au passage un nouveau tournevis sonique) et elle accepte de voyager avec lui à la condition qu'à la fin de leurs voyages, il la ramène le lendemain du départ. Nous découvrons alors la chambre de la nouvelle compagne : on aperçoit une robe blanche, sous-entendant que le jour suivant est le jour de son mariage.